基于信號(hào)處理方法的ChIP-seq數(shù)據(jù)的分析與研究.pdf

1、在生物領(lǐng)域，對(duì)DNA與蛋白質(zhì)相互作用的研究是對(duì)基因表達(dá)與調(diào)控進(jìn)行了解的重要手段。隨著ChIP-seq技術(shù)在這些領(lǐng)域的應(yīng)用日益廣泛，如何對(duì)大量Chip-seq數(shù)據(jù)進(jìn)行處理分析并獲取生物醫(yī)學(xué)信息成為非常有意義的研究課題。目前，絕大多數(shù)ChIP-seq數(shù)據(jù)分析方法都忽略了其作為全基因組上一維信號(hào)的特性而只關(guān)注其局部統(tǒng)計(jì)性質(zhì)，缺少一個(gè)基于信號(hào)處理方法的ChIP-seq數(shù)據(jù)分析研究的理論方法。
　　 本文將ChIP-seq數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)換成一維信

2、號(hào)，提出一個(gè)系統(tǒng)的信號(hào)處理框架并設(shè)計(jì)出相關(guān)信號(hào)處理算法，包括ChIP-seq數(shù)據(jù)的讀取和直方圖化算法，針對(duì)ChIP-seq數(shù)據(jù)一維信號(hào)的NL-means去噪算法，富集區(qū)域的查找算法和基因組序列的比對(duì)算法。通過(guò)對(duì)ChIP-seq數(shù)據(jù)的一系列處理分析，獲取具有一定長(zhǎng)度的富集區(qū)域，將其與參考基因組序列進(jìn)行比對(duì)，得到重疊與非重疊區(qū)域。這一系統(tǒng)理論框架的提出，是對(duì)現(xiàn)有ChIP-seq數(shù)據(jù)處理分析方法的有效補(bǔ)充和信號(hào)處理領(lǐng)域新的應(yīng)用。實(shí)驗(yàn)結(jié)果表明，