應用基因表達譜芯片篩選胰腺癌病人外周血單個核細胞的腫瘤相關基因.pdf

1、目的：本文試圖利用Affymetrix公司的基因表達譜芯片對胰腺癌病人PBMC的表達譜和正常人PBMC表達譜進行研究，篩選胰腺癌的腫瘤相關基因，為胰腺癌的臨床診斷和治療提供新的途徑。 方法：收集5名胰腺癌病人和5名健康志愿者的外周靜脈血并提取PBMC的總RNA，分別與含38500個基因的美國AFFYMETRIX公司HUMANGENOMEU133PLUS2.0ARRAY基因表達譜芯片雜交。雜交后進行圖像掃描和數(shù)據(jù)分析。并使用rea

2、l-timeRT-PCR對部分篩查結果進行驗證。其中OLFM4和MMP9使用的是普通TaqMan熒光探針，CCDC18使用的是TaqMan-MGB熒光探針。 結果：表達譜芯片結果顯示，在10個樣品中至少有一個“Present”的signal值的probeset有22000個。10個樣品的signal值全部為“Present”的probeset有¨160個，信號值取log10的值后，進行Student'sttest(two-tai

3、ledmstribution;two-sampleunequalvariance)，腫瘤組PBMC表達倍數(shù)在0.5倍以下和2倍以上的，且t檢驗p值小于0.01的probeset對應基因有10條，其中3倍以上表達的基因只有一條基因——MMP9，沒有0.333倍以下表達的基因。在22000條基因中除去10個樣品的信號值全部為“Present”的11160條probeset，剩下的10840條probeset中，發(fā)現(xiàn)了兩條基因很可能成為新的腫

4、瘤MARKER——OLFM4(NM_006418)和CCDC18(NM_206886)。 RealtimeRT-PCR結果顯示，OLFM4與MMP9在胰腺癌PBMC中呈上調(diào)表達趨勢，而CCDC18在胰腺癌PBMC中呈下調(diào)表達趨勢，這與芯片的結果一致。其中OLFM4在胰腺癌病人PBMC中明顯高于正常對照組(P＜0.05)。 結論：通過基因表達譜芯片篩選胰腺癌腫瘤相關基因是可行的，并篩選到一組與胰腺癌相關的基因。其中，MMP